Strukturę organizacyjną nadleśnictwa stanowią:

1. biuro nadleśnictwa,

2. leśnictwa,

3. szkółka leśna,

4. gospodarstwo łowieckie.

W skład biura nadleśnictwa wchodzą następujące komórki organizacyjne:

1)   działy:

1. gospodarki leśnej, kierowany przez zastępcę nadleśniczego,

2. gospodarstwo łowieckie, kierowane przez zastępcę nadleśniczego ds. gospodarki łowieckiej,

3. finansowo-księgowy, kierowany przez głównego księgowego,

4. administracyjno- gospodarczy, kierowany przez sekretarza,

5. posterunek straży leśnej, kierowany przez starszego strażnika leśnego -  komendanta posterunku,

2)  samodzielne stanowiska pracy:

1. inżynierowie nadzoru,

2. stanowisko ds. pracowniczych.

Nadleśniczy kieruje całokształtem działalności nadleśnictwa na zasadzie jednoosobowego kierownictwa i ponosi za nią pełną odpowiedzialność, a także reprezentuje nadleśnictwo na zewnątrz.

Zastępca nadleśniczego wykonuje zadania i odpowiada  za całokształt spraw z zakresu gospodarki leśnej. Kieruje Działem Gospodarki Leśnej i pracą leśniczych.

Dział gospodarki leśnej odpowiada za realizację zadań z zakresu nasiennictwa, selekcji, szkółkarstwa, hodowli lasu, ochrony lasu, w tym ochrony przeciwpożarowej, ochrony przyrody, łowiectwa, zagospodarowania, użytkowania i urządzania lasu, stanu posiadania i gospodarki łąkowo-rolnej. Koordynuje działania związane ze sprzedażą drewna.

Leśnictwa są podstawową jednostką terenową w nadleśnictwie, w której bezpośrednio prowadzona jest gospodarka leśna. Leśnictwem kieruje leśniczy. Swoje zadania wykonuje razem z podleśniczym, który mu bezpośrednio podlega.

Szkółka leśna Margonin kierowana jest przez leśniczego szkółkarza odpowiedzialnego za prowadzenie produkcji szkółkarskiej oraz zabezpieczenie  potrzeb w zakresie nasiennictwa leśnego. Nadzoruje również właściwe zagospodarowanie bazy nasiennej.

Zastępca nadleśniczego ds. gospodarki łowieckiej ściśle współpracuje z zastępcą nadleśniczego oraz inżynierami nadzoru w zakresie planowania, wykonania i rozliczenia prac w gospodarce leśnej, łowieckiej i łąkowo-rolnej. Prowadzi biuro polowań nadleśnictwa Podanin oraz nadzór nad realizacją rocznych i wieloletnich planów łowieckich. Kieruje Gospodarstwem łowieckim.

Gospodarstwo łowieckie prowadzone przez leśniczego ds. łowieckich, obejmuje obwód łowiecki nr 51 stanowiący Ośrodek Hodowli Zwierzyny LP, wyłączony z wydzierżawiania i zarządzany przez nadleśnictwo, gdzie realizowane są następujące cele:

• ochrona, zachowanie różnorodności i gospodarowanie populacjami zwierząt łownych,
• ochrona i kształtowanie środowiska przyrodniczego na rzecz poprawy warunków   bytowania zwierzyny,
• uzyskiwanie możliwie wysokiej kondycji osobniczej i jakości trofeów oraz właściwej liczebności populacji poszczególnych gatunków zwierzyny przy zachowaniu równowagi środowiska przyrodniczego,
• spełnianie potrzeb społecznych w zakresie uprawiania myślistwa.

Główny księgowy odpowiada za całokształt zagadnień w zakresie księgowości, finansów, planowania finansowo-gospodarczego, analiz, sprawozdawczości oraz organizację i sprawowanie kontroli wewnętrznej dokumentów finansowo-księgowych nadleśnictwa. Główny księgowy kieruje działem finansowo-księgowym. Główny księgowy kieruje działem finansowo-księgowym.

Dział finansowo-księgowy prowadzi ewidencję i formalno-rachunkową kontrolę dokumentów, sporządza plany finansowe, analizy, rozliczenia finansowe i podatkowe, egzekwuje należności i regulację zobowiązań, rozlicza finansowe wyniki inwentaryzacji składników majątkowych, sporządza listy płac, rozlicza składki na ubezpieczenia społeczne i prowadzi obsługę kasową nadleśnictwa.

Sekretarz jest odpowiedzialny za całokształt spraw związanych z pełną obsługą administracyjną nadleśnictwa i prowadzeniem spraw inwestycyjno – remontowych, zamówieniami publicznymi i obsługą prawną nadleśnictwa.

Dział Administracyjno-Gospodarczy prowadzi całokształt prac związanych z obsługą administracyjną nadleśnictwa, dzierżawą gruntów, sprawami inwestycyjno-remontowymi, budowlanymi, utrzymaniem środków trwałych nadleśnictwa, a także prowadzi postępowania o udzielanie zamówień publicznych, zajmuje się udostępnianiem informacji publicznych.

Posterunek Straży Leśnej jest komórką organizacyjną przy nadleśnictwie, powołaną do zwalczania przestępstw i wykroczeń z zakresu szkodnictwa leśnego oraz wykonywania innych zadań związanych z ochroną mienia Skarbu Państwa, będącego w zarządzie Nadleśnictwa. Posterunkiem kieruje komendant, podległy bezpośrednio nadleśniczemu.

Inżynierowie nadzoru sprawują kontrolę funkcjonalną prawidłowości wykonywania czynności gospodarczych w nadleśnictwie, w zakresie wynikającym z obowiązującego regulaminu kontroli wewnętrznej lub bieżących poleceń nadleśniczego. Wydają zalecenia w trybie ustalonym przez nadleśniczego. Ściśle współpracują z zastępcami nadleśniczego w zakresie planowania, wykonania i rozliczenia prac w gospodarce leśnej, łowieckiej i łąkowo-rolnej oraz certyfikacji prawidłowej gospodarki leśnej.

Stanowisko ds. pracowniczych odpowiada za prowadzenie spraw kadrowych i obsługi pracowniczej, podlega bezpośredni nadleśniczemu. Prowadzi sprawy związane z przestrzeganiem przepisów i zasad bezpieczeństwa i higieny pracy w nadleśnictwie,  analizowaniem przyczyn wypadków  przy pracy i skutków chorób zawodowych, organizowaniem badań, szczepień i innej działalności profilaktycznej.